公积金贷款余额不足时，银行通常会采取一定的措施以确保贷款的顺利偿还。例如，当借款人使用公积金贷款购买房产后，如果公积金账户余额不足以覆盖每月应还贷款额，银行可能会从借款人的其他银行账户中扣除差额部分。这种情况下，银行一般会提前通知借款人，并可能要求提供额外的资金来源或调整还款计划。

以李女士为例，她通过公积金贷款购买了一套价值200万元的房子，贷款金额为160万元，贷款期限为15年。她的公积金账户余额为10万元，但每月需偿还的贷款本息合计为1.2万元。在这种情况下，由于公积金余额不足以覆盖每月的还款额，银行将从她的另一张银行卡中自动扣除剩余的0.2万元作为月供。若李女士的另一张银行卡余额不足，则会导致逾期，从而影响她的信用记录和未来的贷款申请。

公积金贷款余额不足的主要原因有以下几点：一是公积金账户余额较低；二是借款人收入不稳定，导致每月还款能力下降；三是银行对公积金贷款的扣款顺序有特定规定，如优先使用公积金账户余额。为避免此类情况发生，借款人可以采取以下措施：

1. 提高公积金账户余额：借款人可以通过增加缴纳比例或延迟提取公积金的方式提高账户余额。例如，李女士可以考虑提高每月公积金缴纳基数，或推迟提取公积金用于其他用途，以便在贷款期间保持足够的公积金余额。

2. 调整还款计划：与银行协商，将贷款期限延长至20年，虽然这将增加总的还款利息，但可以降低每月的还款压力。假设李女士选择将贷款期限延长至20年，那么她的月供将降至约0.9万元，其中0.7万元来自公积金账户，0.2万元来自其他银行账户，这样就可以避免因余额不足而导致的扣款失败。

3. 建立应急基金：借款人应建立一个紧急基金，以应对突发事件或收入波动。这样即使遇到意外情况，也能保证有足够的资金偿还贷款。李女士可以将每月收入的一部分存入专门的储蓄账户，以备不时之需。

4. 合理规划财务：借款人应合理规划个人财务，避免过度消费，确保有足够的现金流来偿还贷款。借款人还可以考虑多种收入来源，如兼职工作、投资收益等，以提高还款能力。

通过上述措施，借款人可以有效避免因公积金贷款余额不足而产生的扣款问题，确保贷款按期偿还，维护良好的信用记录。借款人还应密切关注自己的还款情况，定期检查账户余额，及时调整还款计划，以确保贷款的顺利进行。